• La red fluvial está formada por ríos de escaso caudal, en su mayoría deteriorados y secos, excepto en los cortos períodos lluviosos donde recobran parte de su caudal. La excepción la constituye el río “Jobabo”, el que a pesar de estar también afectado, mantiene su cause e incluso, en períodos prolongados de lluvia se desborda provocando inundaciones en zonas aledañas. Este río posee una longitud de 61.1 Km, con un gasto promedio de 189 litros/segundo, que abastecen 3 presas y 8 micro-presas con una capacidad total de 19,56 millones de m3.
• Además del mencionado río “Jobabo” se destacan otros ríos y afluentes de menor tamaño, como son:
• Río Virama
• Río “El Salao”
• El Lavao, afluente del Jobabo y que en específico es el que alimenta las presas de su propio nombre.
• El Cayojo
• El Bijao
• Entre los principales embalses se cuentan:
• El Lavao I
• El Lavao II
• El Lavao III
• El Lavao IV
• El Lavao V
• Las Merceditas
• Las Lajas
• Bijao I
• Bijao II
• Cayojo (limítrofe con el municipio Tunas)

Las aguas subterráneas se encuentran ubicadas en la zona de Birama y poseen un área de 300 km2, siendo su capacidad de 22.7 millones m3. Este grupo de aguas, de alto PH, se caracteriza por su gran contenido de magnesio y sales, al contrario de las superficiales que son de bajo PH y catalogadas como suaves por su bajo contenido de sales y magnesio

Los tipos de suelos predominantes, dentro de la geografía jobabense son:
• Hidromórficos
• Aluviales
• Húmedos carsimórficos
• Pardos fersialíticos
• Fersialíticos amarillos
• Por su fertilidad pueden catalogarse como muy productivos los de la zona norte del municipio, utilizados preferiblemente en la agricultura. Por otra parte, los suelos del sur, más salinizados y menos fértiles, llegan a ser en ocasiones cenagosos, como los de la zona costera.

Desde el punto geomorfológico el relieve del municipio Jobabo es clasificado como llano con algunas elevaciones, entre las que sobresale como la mayor, la loma “El Jengibre” (popularmente conocida como “la Loma de San José”) con una altura de 144 metros sobre el nivel del mar, y que guarda en sus profundidades yacimientos auríferos. Otro punto predominante se encuentra ubicado en la zona de “El Grillo”, con su elevación del mismo nombre, y otras elevaciones menores aledañas al mismo San José y otras zonas del territorio.

Pude afirmarse que el predominio de las llanuras se hace mayor para la parte sur del municipio, delimitada por la línea ferroviaria que une al territorio con los municipios de Colombia y Río Cauto (este último en dirección a la costa), siendo más variada el resto.
En la parte costera predominan los esteros, lugares bajos y cenagosos, donde se encuentran como principales accidentes, los deltas de los ríos Jobabo, Tana y Ojo de Agua.

El clima del territorio jobabense es tropical, con veranos relativamente húmedos, predominando los periodos largos de sequía. Los valores medios de humedad relativa y presión atmosférica son de 85% y 1011 hPa, respectivamente.
La duración del período lluvioso es de poco más de 80 días, siendo los meses más intensos junio y mayo con promedios de precipitaciones de 219 y 179 mm respectivamente, mientras que los menos lluviosos son diciembre y enero, con 15 y 20 mm, por su orden. Aunque en los últimos tres años el municipio ha estado afectado por el incremento de los largos períodos de sequía.
La circulación de los vientos predomina de norte a sur, aunque su comportamiento mensual es variable, presentándose valores máximos en los meses de septiembre y octubre, con velocidades medias registradas de 9.9 Km./h sobre todo en este último mes.

Predominan los vientos alisios contrarrestados por brisas y reforzados por temporales.
La temperatura es cálida, predominando cielos parcialmente nublados en el período comprendido entre los meses de abril a agosto y ligeramente inferior entre diciembre y marzo. El promedio anual de temperaturas es de 33 ºC, teniéndose como la menor temperatura registrada 9.2 ºC ocurridos en enero de 1987, y como máxima histórica 37.3 ºC.